原名兰渚,宁河县表口村人。
1916年考入直隶第一中学;1919年组织学生参加五四运动,和郭隆真、邓颖超等人发起了街头爱国演说,是天津革命青年的领袖之一。后化名绍舜,考入南开中学读书,组织马克思主义研究会,在李大钊同志领导下,学习马克思主义著作,并改组马克思主义研究会为中国社会主义青年团,于方舟是天津社会主义青年团负责人之一。
1922年经李大钊同志介绍,加入中国共产党。同年于方舟和江浩等同志在天津法租界普爱里建立中共顺直省委会。1923年蔡和森同志来津视察工作,并指示于方舟同志二次建党,于方舟同志任中共顺直省委组织部长。1923年冬,奉党决定,于方舟同志以天津学生联合会的代表名义,去广州参加了1924年月1月召开的国民党第一次全国代表大会,于方舟当选为国民党中央候补委员和国民党直隶省临时党部执行委员。
1925年天津地委改组,于方舟任地委组织委员。1927年到玉田县搞农民运动,组织农民起义军,于9月16日爆发了轰轰烈烈的京东农民大暴动。不料遭敌包围,于方舟被俘,于1928年被害。